Un(e) Post doc ou Ingénieur de recherche (H/F)

Organization
ICM - Institut du Cerveau et de la Moelle épinière
Job Location
Hôpital Pitié Salpêtrière
47, boulevard de l'Hôpital
75013 Paris
France
Job Description

 

MISSIONS PRINCIPALES

Nous recherchons un/une Post-doctorant(e) ingénieur de recherche "bioinformaticien/biostatisticien" pour intégrer l'équipe "Bases moléculaires, physiopathologiques et traitements des maladies neurodégénératives" dirigée par le Pr. Alexis Brice.

Sous la supervision du Pr. Corvol, le ou la candidat(e) sera en charge de deux projets spécifiques :

1/ Le projet européen AETIONOMY (IMI) a pour but de définir une taxonomie des maladies neurodégénératives basée sur les mécanismes biologiques sous-jacents. Ce projet a pour mission de valider cette nouvelle taxonomie à partir de matériels biologiques préexistants et également par le biais d'une étude clinique prospective constituée de patients atteints de maladie d'Alzheimer et de Parkinson. La stratégie de pré-validation est d'analyser des données d'études transcriptomiques de patients MP et de volontaires sains, générées à partir de fibroblastes et de plasma. Le ou la candidat(e) devra identifier des gènes dérégulés associés à la MP à l'aide des méthodes appropriées (analyses biaisées et non biaisées, analyses cinétiques).

2/ Le second projet est sur les gènes modificateurs de la MP. Les données de GWAS (puces NeuroX) ont été obtenues à partir de cohortes longitudinales de patients dont des données cliniques et d'imagerie ont été collectées. Les puces NeuroX sont des puces de génotypage ADN "à façon" qui incluent des mutations connues et des polymorphismes impliqués dans les maladies neurodégénératives ainsi que des SNPs de l'ensemble du génome. Le ou la candidat(e) aura à analyser les données générées à l'aide d'analyses statistiques et de méthodes d’imputation afin d'identifier des variants génétiques associés à des marqueurs, cliniques ou d'imagerie, d'évolution de la maladie. Ces analyses vont nécessiter l'utilisation d'outils tels que Minimac ou mach2qtl. D'autres méthodologies pourraient être également envisagées.

Requirements

 

SAVOIR-FAIRE

Thèse ou Master en biostatistique ou bioinformatique.

Bonne expérience ou formation aux techniques actuelles d'analyses de GWAS, d’imputation de SNPs et de transcriptome.

SAVOIR

Aptitude à travailler dans un environnement UNIX et connaissance des langages de programmation informatique (en particulier langages de scripts et R).

Anglais parlé et écrit couramment.

SAVOIR-ETRE

Le candidat doit être extrêmement motivé, être capable d'interagir avec les chercheurs et les cliniciens de l'équipe du Pr Brice ainsi qu'avec les personnels de l'équipe de Bioinformatique/Biostatistique de l'ICM.

About Our Organization

 L’Institut du Cerveau et de la Moelle épinière est une Fondation reconnue d’utilité publique en septembre 2006 dont l’objet est la recherche fondamentale et clinique sur le système nerveux. Sur un même lieu, 600 chercheurs et scientifiques couvrant l’ensemble des disciplines de la neurologie, dans le but d’accélérer les découvertes sur le fonctionnement du cerveau, et les développements de traitements sur les maladies comme : Alzheimer, Parkinson, Sclérose en plaques, épilepsie, dépression, paraplégies, tétraplégies, etc. Inauguré en septembre 2010, l’institut développe actuellement ses actions de collecte et renforce son équipe dédiée à la collecte de fonds.

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